Многие природные минералы и породы, особенно зернистые и скрытокристаллические агрегаты, являются высокопористыми средами, и заполнить эти поры окрашенными растворами или красителями не составляет большого труда. Желательно использовать неорганические красители — они более стойкие; органические вещества во многих случаях быстро выцветают с течением времени. Часто красящие компоненты осаждаются в результате химических реакций, протекающих в самих порах. Наиболее благополучно этот процесс происходит, если обрабатываемый материал устойчив к воздействию тепла, кислот и химических реагентов, используемых в окрашивании. Скрытокристаллический кварц (агат, халцедон) часто содержит в своих порах железо, которое может быть перераспределено посредством кислотной обработки либо вымачиванием образца в растворе соли железа. При последующем нагревании окрашенных образцов оксиды железа отлагаются в порах, и материал приобретает различные оттенки коричневого и красновато-коричневого цветов. Таким же образом обрабатывают многие серовато-коричневые и бело-полосчатые агаты. В этом случае окрашенные зоны становятся коричнево-красными, а непроницаемые белые — остаются неизменными. Таким образом получают сардоникс. Окрашиванием агата на протяжении сотен лет занимались в Йдар Оберштайне (Западная Германия), где совершенствовались методы использования неорганических реагентов. Зеленая окраска во многих случаях может достигаться с использованием соединений хрома, а голубая — соединений кобальта. В прошлом насыщенный синий цвет получали посредством осаждения прусской сини (берлинская и торнбальская лазурь), последовательно используя растворы феррицианида калия и сульфата железа. Оникс (черно-белый полосчатый агат) часто получают путем вымачивания или кипячения природного агата в растворе сахара или меда в течение долгого времени (до трех недель) с последующей обработкой концентрированной серной кислотой. Кислота вытягивает воду из сахара (С