Все это требует значительно подробнее, чем это было сделано до сих пор, остановиться на минералогических особенностях агатов, с особым вниманием к их структуре и текстуре, оставляя вне рассмотрения, как правило, физические, химические и т. п. особенности отдельных минералов, что обычно составляет объем минералогических описаний. Последнее сделано сознательно, поскольку эти данные достаточно широко известны и их можно найти во многих справочниках, учебниках и другой литературе по минералогии. Поэтому ниже дается общая характеристика отдельных минералов, слагающих агаты. В то же время особое внимание уделяется формам их выделения, взаимоотношениям друг с другом, процессам замещения одних минералов другими, что особенно важно для понимания генетических особенностей агатов, расшифровки основных (иногда пока лишь отдельных) сторон их образования. Последовательность рассмотрения отдельных минералов отвечает относительной их количественной роли и значению в формировании агатов. Учитывая сказанное, эта последовательность следующая: минералы семейства кремнезема, карбонаты, сульфаты, силикаты, фториды, сульфиды, гидроксиды и оксиды.