Агаты, с одной стороны, отличаются от халцедона — мономинеральных незональных скоплений этого минерала, в том числе и его окрашенных разновидностей, а с другой — от гидротермальных яшм, иногда находящихся в тесной ассоциации с агатами, генетически связанными с основными и средними вулканитами, представляющих собой халцедоновые образования, содержащие кварц, кварцин и различные механические примеси — гётит, гематит, селадонит, хлорит и другие, содержание которых достигает 20 — 30%, отличающихся непрозрачностью даже в тонких осколках

. Подобные яшмы могут слагать отдельные части агатовых миндалин (обычно донные) или образовывать прослои (зоны) в агате, вплоть до многократных,— подобный поделочный камень называется яшм-агатом

Сложность состава и неповторимость рисунка каждого из отдельных образцов агата дали повод большому знатоку ювелирного и поделочного камня Л. Квику писать: что «в то время как сотня сапфиров среди сотни других имеет точно такой же вид, сотня агатов представляет собой сотню разновидностей форм выделения, окраски или того и другого одновременно. Нет даже двух одинаковых агатов, и это то несходство, которое делает агаты особенно желанными».

Халцедон, являющийся основой агата, относится к скрыто-кристаллическим представителям семейства кремнезема, насчитывающего большое число минеральных видов и разновидностей, отличающихся структурой и степенью кристалличности, знаком оптического удлинения (рис. 1, табл. 1).

Разнообразие форм выделения агата, окраски, декоративности рисунка, включений других минералов привело к выделению большого числа разновидностей халцедона и агата (табл. 2), имеющих не столько минералого-генетическое, сколько декоративное и ювелирно-художественное значение.

Халцедон и агат встречаются в различных минеральных ассоциациях, образующихся главным образом на поздних этапах вулканических процессов, связанных с излиянием лавовых потоков, в том числе подводных, отложений пепла. В меньших количествах они известны в низкотемпературных гидротермальных жилах и ассоциациях, возникающих в поверхностных условиях (в корах выветривания, осадочных породах, особенно карбонатных и глинисто-карбонатных). Все это приводит к разнообразию геолого-минералогической обстановки, в которой встречается агат (табл. 3), затрудняет выяснение общих и частных условий его образования, в том числе в виде крупных скоплений. При систематическом описании минералогических особенностей агата это вызывает осложнения.

В то же время основная масса промышленных месторождений агата связана с вулканогенными комплексами: в большей степени с базальтами, в меньшей — с андезитами [51, 81]. За рубежом известны также многочисленные крупные агатопроявления в риолитовых покровах; на территории СССР они менее значительны, хотя встречаются во многих районах. Меньшее значение имеют агаты, связанные с осадочными породами.